StefanTallqvist

DNA RNA Transkriptiokoneisto 5' ja 3' juoste

  • DNA transcription
    DNA transcription
  • human hemoglobin
    human hemoglobin

DNA RNA Transkriptiokoneisto 5' ja 3' juoste


Tässä yritän selittää miten DNA formaatio luetaan, muutetaan solun ytimessä RNA ketjuksi ja edelleen ytimen ulkopuolella proteiniketjuksi. Tämä asia on ollut jo jonkin aikaa tiedossa, mutta moniko on viitsinyt yrittää ymmärtää tästä asiasta edes pääpiirteet? Ytimen ulkopuolella muodostunut proteiini laskostuu tiettyyn muotoon. Lskostusmahdollisuuksia on olemassa astronominen määrä, ja ainoastaan  tietty muoto  toimii solussa. Miten juuri vain yksi muoto toimii ja muodostuu, on asia jota ollaan paljon simuloitu tietokoneilla mutta ilman että asiaa toistaiseksi on ymmärretty.


Laskostuminen voidaan veratta siihen, kun litteä nauha on sidottu joululahjan ympäri, ja saksen sivuilla vedetään pitkin nauhaa, ja syntyy kaunis serpentiinimuoto. Tämä sepentiinimuoto syntyy ilmeisesti siitä, että tämän litteän narun sisäiset jännitteet muuttuvat. Näyttäisi siltä että RNA ketjun muodostama kolmiulotteisen proteininauhan sisäiset jännitteet ovat ennalta määrättyjä.

Vielä 1990 luvulla keskusteltuani skepojen foorumissa se miten DNA ketjuja luetaan, ei ollut selvillä. Oltiin sitä meiltä että toiseen DNA juosteeseen sisältyy kaikki informaatio, koska DNA:n vastinjuoste on  vain peilikuva.

Minä yititin väittää, U-tekstin tietojen perusteella, molemmat juosteet DNA ketjussa sisältävät geneettistä informaatiota, koska U-teksti mainitsee 48 juosteta, "trait determiner". Se helpoin juttu ymmärtää on, että 24 erityppistä DNA kromosomia sisältää 48 erityyppistä juostetta, eli koodinkantajaa. Tätä selvää asiaa on jankattu ehkä 20 vuottaa.

Mutta luulisin että vieläkin ns. 3' ja 5' strandien käsitteet ovat useimille epäselviä:


- The regulatory sequence before ("upstream" from) the coding sequence is called the five prime untranslated region (5'UTR)
- the sequence after ("downstream" from) the coding sequence is called the three prime untranslated region (3'UTR).
- The antisense strand of DNA is read by RNA polymerase from the 3' end to the 5' end during transcription (3' → 5').
- The complementary RNA is created in the opposite direction, in the 5' → 3' direction, matching the sequence of the sense strand"

Kuvassa 1 on havainnollinen yksinkertaisetettu kuva yhdestä DNA kromosomista, joka ihmisellä koostuu kahdesta juosteesta. RNAP (lukupää) likkuu pitkin DNA ketjua, avaa sitä ja syntyy RNA-ketju. Nuoli osoitaa RNAP liikesuuntaa. Syntynyt RNA eroaa alkuperäistestä koodista vain siinä että DNA kirjain T(thyamine), muuttuu U(uracil) kirjaimeksi; mahdollisesti muitakin mahdolliosuuksia on havaittu.


DNA koodia lukeva molekyyli (RNAP) lukee sähkömagneettista molekyylikodia hieman samaan tapaan kun tietokone lukee magneettinauhaa.

Transkriptiokoneisto (RNAP = RNA polymerase) liikkuu geeniä pitkin valmistaen RNA-ketjua. RNA-polymeraasiin on kiinnittyneenä useita elongaatiotekijöitä, jotka avustavat etenemistä. Sekä geenin eksonit että intronit valmistetaan RNA:ksi, joskin introneja poistetaan myöhemmin. RNA-ketjua muokataan sen tuottuessa: muun muassa ketjun päähän valmistetaan muunnelluista guaniininukleotideistä koostuva "hattu" (engl. ' cap, koska se on ketjun ns. 5'-päässä).

Viitteet (ja lukuisia muita):
https://en.wikipedia.org/wiki/Transcription_(genetics)
https://fi.wikipedia.org/wiki/Transkriptio

Kun olen lukenut näitä ja muitakin selostuksia, on tullut mieleen monimutkainen koodausmenetelmä, jota aluksi saksalaiset käytivät toisen maailmansodan aikana, Enigma. Allan Turing onnsitui pääsemään selville siitä, miten Enigma salauskone toimi. Täten hän ehkä ratkaisi toisen maailmansodan viime vaihetta.

Kun koodauskonetta käytettiin, alkuperäisestä tekstistä tuli ulos aina eri kirjain. Mutta koodi oli  ratkaistavissa jos tunnettiin koneen alkuperäistä asetusta. Enigmassa oli kolme kiekkoa rivissä, ja alkuperäinen kirjain muuttui kolme kertaa mennessään koodauskiekkojen läpi.


DNA:ssa on "kodoni" joka muodostuu kolmesta kirjaimesta. Riippuen siitä mistä kohta lukeminen aloitetaan kolmen kodonin kirjaimista, jatkokoodi on ilemsiesti erilainen.

Yleensä löytyy tietty kolme kirjainta jotka ilmoittavat että geeni alkaa, ja kolme muuta jotka kertovat missä geeni loppuu. Geenit ovat vain verraten lyhyitä pätkiä koko DNA ketjun pituudesta.


Jotenkin tuli mieleen tällainen kehittynyt salauskoodi näitä asioita tutkiessani.

Alan Turing, The Enigma:
http://www.turing.org.uk/index.html


Kuva 2 on laskostunut ihmisen hemeoglobiini

Piditkö tästä kirjoituksesta? Näytä se!

0Suosittele

Kukaan ei vielä ole suositellut tätä kirjoitusta.

NäytäPiilota kommentit (12 kommenttia)

Käyttäjän RaimoTossavainen kuva
Raimo Tossavainen

Ihmettelen miksi kirjoittelet tänne, kun nämä tieteelliset asiat eivät kiinnosta tämän palstan lukijoita. Se käy ilmi vähäisistä kommenteista artikkeleitasi kohtaan. Kannattaisikohan siirtyä tieteellisiin julkaisuihin.

Käyttäjän StefanTallqvist kuva
Stefan H. Tallqvist

Jos asia ei kinnosta, ei tarvitse lueakaan! Kuten on ilmennyt Tiede.fi on poistanut lukemattomat selostukseni. Sitä paitsi täällä kirjoitaa kreantionisteja ja skeptikkoja, joita asia kiinnostaa.

Käyttäjän eiltanen kuva
Eero Iltanen

Mieluummin näitä lukee kuin muita älyvapaita horinoita ja kommentteja. Samoista aiheista jankataan kyllästymiseen asti.

DNA koodijakso on mielenkiintoinen, erityisesti nämä alku- ja loppu"kodonit". Frameshift mutaatiossahan( tulee mieleen tietokonemaailman bitwise shift :) proteiinien muutoksien lisäksi tuo loppukoodi voi tulla mielivaltaiseen paikkaan ja lopputulos voi olla hirveän pitkä tai lyhyt.

Näihin voisi jokainen tutustua kun DNA:sta paljon puhutaan nykyään.

Käyttäjän MarkusLehtonen kuva
Markus Lehtonen

Kirjoita Stefan vaan, mielenkiintoista!

Käyttäjän jpvuorela kuva
Jari-Pekka Vuorela

Ajatteletko ihan oikeasti, että elämä on jotakin, koska "U-teksti mainitsee" sitä tai tätä? Millä tavalla U-teksti tieteellisenä perusteena poikkeaa Raamatusta, Koraanista tai Juoppohullun päiväkirjasta?

Käyttäjän MarkusLehtonen kuva
Markus Lehtonen

Ei tieteellinen, eikä mikään muukaan pohdiskelu voi rajoittua vertaisarvioituihin tutkimuksiin. Urantia tai ei, Stefan tekee valtavirrasta poiketen mielenkiintoisia havaintoja.

Ei tämä ole vertaisarvioinnin vaativa palsta, ja muistakaa, että vertaisarvioijatkin ovat ihmisiä ja suuri osa vertaiarvioidusta tieteestä menee roskakoriin ajan myötä.

Käyttäjän jpvuorela kuva
Jari-Pekka Vuorela

Ymmärsit valituksen aiheeni hieman väärin. Sama tuo minulle, mikä kenenkin havaintoja inspiroi. Mutta Stefan sanoo kirjaimellisesti:

"...molemmat juosteet DNA ketjussa sisältävät geneettistä informaatiota, koska U-teksti mainitsee 48 juosteta, "trait determiner"..."

DNA on ollut olemassa yli kolme tuhatta miljoonaa vuotta, ihmissuku kaksi miljoonaa vuotta, Homo sapiens kaksisataa tuhatta vuotta, Urantia-kirja ei vielä sataakaan vuotta. Ihmisen genomi ei voi sisältää mitään, "koska" U-teksti mainitsee jotakin.

Käyttäjän StefanTallqvist kuva
Stefan H. Tallqvist

Mutta oletko unohtanut että Urantia-tekstin tiedot 1930 luvulta voi verrata nykyisiin tietoihin; asia jota olen harrastanut 1960 luvulta asti.

Lukemattomissa yksityiskohdissa olen nähnyt U-tietojen lähnevän nykytieteitten tietoja. Mutta jotkut yrittävät kierolla tavalla vääristää kaikkia tällaisia tutkimustuloksia.

Jari-Pekka, oletko varma siitä, että sinun antamat tiedot ovat oikeita ja todellisuutta vastaavia?

Käyttäjän jpvuorela kuva
Jari-Pekka Vuorela Vastaus kommenttiin #9

Olen varma siitä, että Urantia-kirja on 1900-luvulla eläneiden ihmisten kirjoittama eikä profeetallinen viesti avaruudesta.

Käyttäjän StefanTallqvist kuva
Stefan H. Tallqvist Vastaus kommenttiin #10

"DNA on ollut olemassa yli kolme tuhatta miljoonaa vuotta",(eli kolme miljardia vuotta), väitti Jari-Pekka kirjaimellisesti.

Tiedemiehet ovat eri mieltä!

"Scientists have estimated that under the most ideal conditions, DNA can theoretically survive for a maximum of one million years."
Väite esiityy netissä monessa kohdassa. Grönlannilla on löytynyt vanhimmat jäljet DNA:sta.

"Yet another form of DNA damage is double-strand breaks, which are caused by ionizing radiation, including gamma rays and X-rays"
http://www.nature.com/scitable/topicpage/dna-damag...
=

U-teksti käsittelee mm. DNA:n vastutuskykyä eilaisiin säteilymuotoihin.

Käyttäjän jpvuorela kuva
Jari-Pekka Vuorela Vastaus kommenttiin #11

Älä nyt viitsi. Et voine tarkoittaa, ettet usko yli miljoona vuoden takaisilla eliöillä olleen dna:ta, vaikkei sitä enää pystytä fossiileista eristämään.

Käyttäjän StefanTallqvist kuva
Stefan H. Tallqvist

Minulla sattuu olemaan hieman tietoja siitä, millaisia salausmenetelmiä maassamme nykyään käytetään. Kun joukko tyttöjä oli vallanut Metsähovin
radioteleskooppi, hyväsydäminen prof. Tiuri järjesti minulle siirron VTT:n tietoliikennnelaboratorioon. Huonekaverina sattui olemaan salausmenetelien
parissa ja tutka systeemien armejan laskuun työtä tekevä DI.

Tuskin paljastan mitään salaista, jos kerron että radioaalloilla salaus nykyään perustuu taajuushyppelyyn ja lyhyihin koodipurskeisiin.
Päätehtäväni VTT:llä oli kuitenkin erilaisten antennien kehittäminen ja tutkiminen.

(aika ajoin Word kielen tarkistusohjelma muuttaa minunkin kirjoituksia salakieleksi)

Toimituksen poiminnat